第 1 季，第 1 集: 金田一一（道枝駿佑飾）就讀的不動高中有一個被稱為學園七大不可思議的謎團。其中一個傳說是若有人知道了細節不明的第七個謎團的真相，就會被潛藏在舊校舍的怪人『放學後的魔術師』咒殺。而推理研究社的七瀬美雪（上白石萌歌飾）和社員們開始調查這個謎團。有一天晚上，美雪因為被社長櫻樹（大友花戀飾）叫出來，與一趕到舊校舍。可是他們在那裡目擊到的是在「打不開的生物教室」上吊的櫻樹！她身旁還有一個看起來像是『放學後的魔術師』的身影，但當他們破壞門並踏入其中，看到的是一個空無一人的房間。但櫻樹的屍體還是在隔天被發現。劍持警部（澤村一樹飾）和當時在舊校舍的佐木（岩崎大昇飾）等其他研究社的社員們、正好在場的值班警衛立花（杉本哲太飾）、教師的場（光石研飾）展開搜查。美雪感到後悔，她覺得如果當初不調查七大不可思議就不會發生這種事。然而在那之後還是不斷有人犧牲，最後就連美雪也…！經過進一步調查，他們發現10年前追尋同一謎團的學生竟然也失蹤了。一對犯人感到無比憤怒，他賭上爺爺的名聲，發誓絕對會解開謎團。而隱藏在離奇密室殺人事件之謎下壯烈又哀傷的真相究竟是什麼？