故事為緊接倩女幽魂結尾燕赤霞及寧采臣二人合力將黑山老妖消滅並安葬小倩的骨灰後的故事。寧采臣（張國榮飾）與好友燕赤霞（午馬飾）分手後重回已經半荒廢的家鄉，其後甚至無辜被當成通緝犯抓入獄。幸在獄中得諸葛臥龍（穀峰飾）相助逃獄。逃獄後與年青道士知秋（張學友飾）纏上，從誤會以至相交，一起投宿於一荒廢山莊。並在此結識一群忠義之士，他們在傅青風（王祖賢飾）及其妹妹傅月池（李嘉欣飾）的帶領下，埋伏山莊，拯救被陷害入獄，正被押上京受審的父親－兵都尚書傅天仇。眾人誤以為寧采臣是諸葛臥龍前輩而對其尊敬有嘉。寧采臣覺得傅青風似其舊愛聶小倩，其以為小倩投胎，遂將錯就錯，留下以便試探真假。與壯士商討營救傅天仇之計畫。忠義之士左千戶（李子雄飾）一路追捕傅天仇，發現真相後轉而幫傅天仇向國師普渡慈航闡明真相。普渡慈航實際乃法力高強的蜈蚣精化身，傅天仇、知秋一葉、傅月池均被抓。寧采臣與傅清風逃脫，到蘭若寺找燕赤霞對抗普渡慈航。左千戶也發現國師是蜈蚣精，救出傅天仇、知秋一葉、傅月池。眾人合力對抗普渡慈航，仍不敵其高深法力，左千戶戰死。此時燕赤霞趕到，和知秋一葉合力擊敗普渡慈航，但知秋一葉元神出竅卻無法返回軀體。傅天仇重回朝廷，除妖有功，加官進爵。清風拋棄榮華，與寧采臣一起浪跡天涯。