晴生等人以奈米金屬為武器,跟哥吉拉決一死戰再度敗北,人類也因機械哥吉拉組成的武裝都市淪陷而感到絕望。另外,艾克西夫一族的梅德菲斯將晴生自戰鬥中生還一事奉為奇蹟,藉此順利增加不少信徒,但這一切只為了隱藏艾克西夫一族的「究極目的」。感到梅德菲斯有異心的瑪依娜及蜜雅娜對他保持警戒。哥吉拉稱霸地球,此時卻出現了全身纏繞著金色光芒的「基多拉」,撼動天地的超次元大戰即將展開……