格列弗遊記裡曾提到漂浮在空中的島嶼──拉普達帝國,傳說在那座天空之城蘊藏大量寶藏,因此引來海盜的覬覦,而軍方也亟欲尋找城中是否存在支配整個地球的神秘力量!兩幫人馬於是對握有神秘飛行石的女孩希達展開追逐行動,企圖利用她和飛行石的力量找到拉普達。正當希達置身險境,幸好遇到少年巴魯適時伸出援手,兩人一見如故,共同經歷一段前所未有的驚險旅程……