這回迪士尼動畫場景移到了沉沒的大地—亞特蘭提斯（Atlantis），本片由 Jules Verne 冒險小說《20,000 Leagues Beneath the Sea》中取材其風格，並參考亞特蘭提斯相關主題的傳說。故事設定在２０世紀初期，主角是一位名為 Milo Thatcher 的年輕人，他由祖父留下的資料一直深信亞特蘭提斯城的存在，後來一支探險隊獲得一本古老手札後，邀他一同加入海底探險的旅程，尋找傳說中的神秘之城－亞特蘭提斯，他們搭乘著 Rourke 船長所領導的潛水艇深入海底，經歷怪物攻擊等重重危機，最後終於來到亞特蘭提斯城，也結識了 Kida 公主和其他族民們，但是探險隊員間各自盤算卻在此時漸漸浮現，帝國的興衰、私心的利誘，演變成一觸即發的衝突。