四位忍者龜兄弟米開朗基羅，多納太羅，李奧納多，拉斐爾將再度重返大螢幕，這回打鬥場面更大，更壞的壞人現身，還有美麗的記者艾波歐尼爾（梅根福克斯 飾），攝影師凡恩芬維克（威爾阿奈特 飾）和新加入：戴曲棍球面具的正義使者凱西瓊斯（史蒂芬艾梅爾 飾）。超級大反派許瑞德逃脫監禁後，他與瘋狂科學家巴克斯特斯托克曼以及兩個笨蛋心腹比巴（蓋瑞安東尼威廉斯 飾）和洛克史迪（WWE冠軍的職業摔角選手大鯊魚新希莫斯 飾）合作，發動一場兇殘的計劃接掌全世界，當四隻忍者龜準備對付許瑞德和他的新夥伴，但他們卻發現正面臨一個更恐怖的惡勢力：惡名昭彰的克朗。