在暗渠長大的忍者龜，發現自己本來是普通的烏龜，因工業用的核廢料，令牠們產生異變，變成聰明而強壯的忍者戰士。「大腳板兵團」首領沙狄知悉他們的秘密，奪取這些增強戰鬥力的物質，對付忍者龜戰士......