電視台記者韓愛寶，對近期發生在紐約市的離奇案件，作出了連串報導，但她的行動，却惹來匪幫 -- 大腳皮兵團首腦沙秋的不滿，決意要消除這名正義女記者。在一次地鐵站內，匪幫抓著了韓愛寶，但被一名忍者龜再將她救出，並帶回暗渠中巢穴。介紹她認識其餘三名忍者龜及他們的老鼠王師父，並得知他們為何由小龜成長及學得一身忍術。及後匪幫跟蹤而至，並將老鼠王師父捉回犯罪王國總部. 匪首沙秋更要斬草除根，率眾直搗韓愛寶住所，四隻忍者龜和朋友鐘斯，祇好頑抗逃生。一國人暫避市郊，在一片悲傷中，四隻忍者龜突感到師父的精神召喚，他們卒能明白到忍者術的最高境界，不在體外，而在形神合一。他們對忍者術一旦豁然貫通，遂專心練習，準備回市中心，拯救師父......