1991年，原是青年黑幫份子劉健明（陳冠希飾演）聽從Mary（劉嘉玲飾演）的秘密派遣，順利狙擊黑幫龍頭倪坤（張同祖飾演），並受韓琛（曾志偉飾演）的指示進入警察訓練學校學警而投入成為警隊精英。晚間，倪坤的死訊於江湖上傳開後，旗下所掌控的黑幫頭目也紛紛蠢蠢欲動，隨即可能掀起極大的風暴，只有韓琛仍然忠心耿耿。同時，重案組總警司陸啟昌（胡軍飾演）和高級警司黃志誠（黃秋生飾演）則帶隊緊盯現場情況，打算見機行事，盼能一舉逮捕在場份子。只是倪坤的次子倪永孝（吳鎮宇飾演）運用過人的手段，穩住別有異心的黑幫頭目，更讓趁機而入的警察徒勞無功，有著黑幫新任龍頭的架勢。 某日，原本於警校學警的青年陳永仁（余文樂飾演），遭警校查出他偽造家庭背景，無法繼續接下來的學業。被逼離開警察訓練學校而革除的陳永仁，仍然一心嚮往能夠擔任高級警司，於是接受黃志誠高級警司的特別任務，投入黑幫擔任臥底警察的生涯。 1995年，身不由己的陳永仁和劉健明順利互換身份，逐漸站穩自己扮演的角色，邁向一條通往無間地獄的道路……