史蒂芬與盧卡斯的印第安納瓊斯傳奇廣受喜愛，第三集開場緊湊，小印第（已故的瑞凡費尼克斯飾）讓觀眾更瞭解他為什麼喜愛冒險犯難、害怕蛇與堅持從壞人手裡奪回歷史古物歸還博物館的固執。不久後在1938年，成年的印第（哈里遜福特飾）出現在熟悉的教室，教一群帶著愛慕眼神的大學女學生考古學。但藝術收藏家（朱利安葛洛夫飾）來找他後，瓊斯先生再次拋下正職工作，幫他尋找各路爭相搶奪的聖杯。原來還有一個貪心的考古學家也在尋找這個著名的聖杯，印第安納瓊斯的父親亨利瓊斯博士（史恩康納萊飾），他最近突然失蹤。這對瓊斯父子遭遇重重難關，從威尼斯到中東最變幻莫測的地方。讓情況雪上加霜的是艾莎（艾麗森杜迪飾），兼具美貌與智慧的女人，只有一個致命的瑕疵：她是納粹臥底探員。尋找聖杯是危險的任務，想靠聖杯牟取私利的人將難逃劫難。