高檀市有一個新的邪惡勢力企圖偷取正在實驗中的技術，這讓蝙蝠俠開始進入高度戒備狀態。不過還有一批潛伏在下水道的忍者也加入戰局，也就是變種少年忍者龜！由李奧納多領軍的忍者兄弟們還包括足智多謀的多納太羅、無所畏懼的拉斐爾和開心果米開朗基羅，這一群神秘的武術高手，群起與黑暗騎士正面交鋒。Warner Bros Home Entertainment、DC 和 Nickelodeon 共同巨獻蝙蝠俠大戰變種少年忍者龜，這可是高檀市前所未見的一場高來高去，驚心動魄的冒險。