來歷不明的間諜少女檸檬找上小新，並帶來動感超人的訊息，希望小新和檸檬搭擋，攜手拿回動感超人遺失的動感能量膠囊。小新義不容辭答應，並開始接受間諜訓練。果然小新不負眾望，成功潛入研究室，此時卻聽到不同版本的故事，小新不相信動感超人會騙他，依舊將膠囊帶走，沒想到此舉即將引來一場大災難……