「新之助」在廣志和美冴的家庭中出生5年。過著有如暴風雨般刺激又和平的每一天，可是某天，一名自稱屁祖隱千代女的女性來到了野原家。她告訴眾人：「其實我是新之助真正的母親。」而她身邊站著一位名叫珍藏的5歲少年。突如其來的事件讓野原一家非常困惑，但也不能將他們趕回去，只好讓他們兩個留下來過夜。可是，那天晚上，神秘的忍者軍團突然襲擊了野原家！原來千代女是從忍者村逃出來的女忍者，正被人追捕中!忍者軍團認為小新是她的兒子，所以也將小新一起抓走了…。在忍者村，有個封印著地球能量的「地球肚臍」，屁祖隱家以代代相傳的「幽靈之術」，用純金的塞子塞住它，一直守護著它。要是塞子掉了，地球能量就會外洩，導致地球枯萎、停止自轉，這樣世界就再也無法迎接「明日」了！繼承了屁祖隱名號的兒子「屁祖隱新之助」，有辦法守護地球的未來還有家人的明日嗎？