承接反貪風暴系列第二集《S風暴》，今集《L風暴》故事講述ICAC（廉政公署）首席調查主任陸志廉（古天樂 飾），JFIU（聯合財富情報組）總督察劉保強（張智霖 飾）同時偵查一宗海關關員（謝天華 飾）貪污及洗黑錢案，但二人苦無線索。這時廉政公署L組（內部紀律調查組）總調查主任程德明（鄭嘉穎 飾）收到模特兒Eva（鄧麗欣 飾）舉報，指陸志廉收賄1,200萬，陸無法辯解即時停職。為洗嫌疑陸四出搜證，同時被黑白兩道追捕； 隨著調查的不斷深入，劉發現陸被誣陷，並跟一直調查的洗黑錢案有著千絲萬縷關係，更懷疑銀行主任游子新（栢天男 飾）協助犯罪集團首腦王海禾（譚耀文 飾）洗黑錢；中國反貪局偵查處處長洪亮（丁海峰 飾）來港，給劉保強提供了重要情報，中港合力打擊貪腐；陸亦冒險搜證中遭禁錮，命懸一線……