正義聯盟第一代英雄們帶第二代參觀正義聯盟總部,但小閃電俠不滿,認為大人們對待他們第二代英雄像小跟班一樣,於是他決定自己冒險。他帶著其他第二代英雄發現地底深處的卡米斯計畫和KR計畫,原來超人的DNA被取出來培養"超能小子",受到戴斯蒙博士和守護者的嚴密監控,但是超能小子被羅賓叫醒後反而攻擊他們。

被囚禁起來的水行俠、小閃電俠和羅賓想盡辦法逃出卡米斯計畫,希望說服超能小子加入他們,拒絕戴司蒙的詭計並逃出去。經過一番打鬥,四人成功打敗戴司蒙,將超能小子帶到地面上,與其他第一代英雄見面,第一代英雄也因此答應了第二代的要求,將會讓他們暗中參與拯救的任務,同時加入了火星女,組成5人軍團。

剛組成團隊的五人非常不耐煩地等候聯盟給他們真正的任務,讓他們大展身手,沒想到在面對風力士的挑戰時,因為梅根錯誤的指引,大家以為風力士其實是紅風俠客的化身而不願意面對挑戰,導致紅風俠客只好出面解決,但他卻是梅根變身的,終於打敗了風力士。

蝙蝠俠派由羅賓領軍,小閃電俠、超能小子、水行俠和火星女組成的第二代正義聯盟到聖塔普里斯卡去作秘密任務。當他們來到島上,發生是眼鏡蛇教主在製造毒藥。第二代聯盟起內鬨,不肯聽羅賓指揮,後來所有人推舉水行俠為隊長才平息。他們終於團結一心,阻止毒品離開島上。但史波王卻趁機逃脫,拿了少量毒液回去向魔腦交差。

超人不理會超能小子,使超能小子不能理解。蝙蝠俠派二代正聯護送一個機器人。聯盟認為這機器人亞曼佐應該是伊沃教授製造的。果然車隊出發不久就被攻擊,超能小子追到了高森市。原來伊沃沒死,在背後指使。最後超能小子他們終於打敗亞曼佐,但伊沃逃走了。聯盟小子們還是得到蝙蝠俠的讚賞,超能小子也終於願意一起受訓。

綠林箭俠收侄女阿蒂米斯為徒弟,引起速箭俠不滿,速箭俠因此要求把名字變成赤箭俠,從此單飛。速箭俠找新正義聯盟幫忙,說他解救了羅蓋特博士,但她也被暗影聯盟逼迫為他們設計“迷霧”,一種滲透小間諜。新正聯答應幫助他,而有了阿蒂米斯,他們也成功打敗了暗影聯盟派出的殺手,但赤箭俠卻懷疑阿蒂米斯的真實身份不簡單。