一架飛機降落在紐約市，機上所有人都死了，疾控中心金絲雀項目的負責人艾法蘭古懷特博士及其團隊被要求進行調查。哈林區的當鋪老闆亞伯拉罕斯崔奇飛奔到機場，他確信這個起初看起來像神秘病毒的爆發可能是更邪惡事情的開始。

四個倖存者開始表現出奇怪的癥狀，但隨著假新聞的傳播，艾法和羅娜試圖對他們進行隔離的努力失敗了。同時，在監獄裡，一個老熟人——非常老的熟人——突然來探訪斯崔奇。

艾法和羅娜努力拯救雷菲恩隊長的命，然後面對病毒的可怕影響。老鼠襲擊事件的激增讓菲特感覺在城市的深處正在發生一些莫名其妙的事情。從監獄中獲釋後，斯崔奇開始了自己無情的計劃，以阻止疾病的傳播。

一次秘密驗屍顯示了神秘病毒的離奇發展，促使詹姆做出了驚人的懺悔。艾法和羅娜競相尋找飛機悲劇中最年輕受害者的父親，但有人出乎意料地比他們更快。

隨著羅娜的離去，艾法不情願地加入了斯崔奇的探索，希望能收集到足夠的證據來保證全市範圍的隔離。菲特在地鐵隧道內遇到了意想不到的情況，而一場醫療事故威脅著柏莫的藍圖。

在警告凱莉在瘟疫蔓延之前與扎克離開城市之後，艾法被聯邦調查局逮捕。艾治侯斯為格斯安排了最後一項工作，而斯崔奇意識到即將到來的日蝕是病毒感染的轉折點和末日的開始。