希干希納區被高達50米的城牆環繞，這些城牆是為了抵禦牆外生活的巨人而建造的。對牆外的世界充滿好奇的少年艾連與青梅竹馬的好友米卡莎在城牆內過著安定的日子。有一天，他們得知去牆外執行調查任務的調查軍團即將歸來。這些艾連心目中的“英雄”歸來時會是一番怎樣的景象？

巨人的來襲徹底改變了希干希納區居民們的生活。在尖叫與怒吼中四散奔逃的人們一個接一個被巨人吞入口中。這幅景象再次讓人們意識到，人類只是巨人口中的食糧。艾連無能為力地看著母親在自己眼前死去，心中燃起了對巨人的恨意。 “我要把他們統統消滅，一個不剩！”

艾連、米卡莎與阿爾敏加入訓練軍團，學習使用最有效的殺死巨人的武器：立體機動裝置。在奇斯教官的嚴格訓練下，擁有不同出身、不同觀念的學員們之間逐漸建立起了戰友情誼。米卡莎、阿爾敏與其他學員輕鬆通過了基礎平衡與姿態訓練，艾連卻舉步維艱。如果無法證明自己有成為戰士的能力，他就會被送去開拓地墾荒…

加入訓練軍團三年，經歷了奇斯教官的嚴苛訓練後，艾連、米卡莎、阿爾敏和其他學員終於要結業了。在這段時間裡，艾連發現掌握立體機動裝置、學習與巨人作戰竟是逃離戰場的手段。成績最優秀的訓練兵可以加入憲兵團，在國王身邊維護秩序。

希干希納區的慘劇發生五年後，艾連再次見到了當年破壞瑪利亞之牆的巨人。他啟動立體機動裝置，向巨人薄弱的後頸發起攻擊，然而巨人卻在一陣蒸汽中消失不見。艾連與戰友們修補被巨人破壞的城牆與城門，準備應對巨人的第二波攻擊。他們能否擊退來襲的巨人？

34班的士兵們一個接一個死在巨人手下：托瑪斯、奈克、米力伍斯、米娜…還有艾連。前來救援的尤米爾、克里斯塔和柯尼找到了唯一的倖存者阿爾敏，但他無法接受剛剛發生的一切。正在另一個部隊中與巨人作戰的米卡莎回想起了與艾連相識的那天。