西曆2040年，統合軍在距離地球十多光年遠的移民行星「伊甸星」上展開新世代主力可變型戰鬥機的開發計畫，名為「超新星計畫」。因為擁有高超的駕駛技術而被派駐到此地擔任YF-19試飛員的勇戴森在此與兒時玩伴葛德高爾伯門重逢，此時的葛德則是他的競爭對手機型YF-21的試飛員。就在此時，他們的另一位兒時玩伴妙潘容正以全銀河的超人氣虛擬歌手莎朗艾波製作人身分來到伊甸星。由於過去發生的事件而分道揚鑣的三人在伊甸星再次相遇。

在試飛中遭受葛德算計而受傷的勇在醫療池中恢復意識時，映入眼簾的是收到消息急忙趕到的妙憂心忡忡的模樣。但妙很快地便彷彿逃離兩人似地啟程前往地球，讓勇和葛德陷入了難以平息的沮喪之中。另一方面，地球馬克羅斯政府已經成功完成了擁有壓倒性的，機動性的無人戰鬥機，鬼魅 X-9的開發。

勇強行開走了YF-19，試圖透過空間轉移前往地球，對無人戰鬥機，鬼魅 X-9進行出其不意的攻擊，葛德也在此時駕駛YF-21從後追擊。兩具戰機衝進大氣層後在互罵聲中展開空中激戰。然而莎朗在取得扭曲的自我意識後拘禁了妙，並操控鬼魅以及馬克羅斯阻擋勇和葛德兩人的去路。