Abril O'Neil, una reportera, investiga los recientes robos de numerosas tecnologías, supuestamente cometidos por ninjas. Un encuentro con unos ladrones la lleva a una historia mayor cuando es salvada de los criminales por cuatro tortugas ninjas.

Destructor secuestra al Maestro Splinter en un intento de atraer a las Tortugas a su propio fin. Para rescatar al Maestro, las Tortugas deben adentrarse en la fortaleza móvil de Destructor y enfrentarse a su peligroso armamento.

Destructor experimenta con el portal interdimensional, con la esperanza de contactar a los Soldados de Roca de Krang y prepara una invasión en la Tierra.

Destructor atrae al Maestro Splinter al Tecnódromo con la promesa de que un arma en su poder puede devolverle su forma humana.