Napoleon Dynamite es una nueva especie de héroe, con un entallado traje rojo, botas lunáticas y habilidades inigualables. Pasa sus días dibujando personajes místicos, compartiendo con su hermano Kip y esquivando a su cuadrado tío Rico. Cuando un par de nuevos amigos entran en su vida -la tímida Deb y el bigotón Pedro- el trío planea una campaña para que Pedro sea el jefe de su clase y así realizar los sueños más alocados de los estudiantes. Pero para poder vencer a su rival, Napoleon Dynamite tendrá que utilizar su arma secreta...