Ya han pasado más de doscientos años desde que murió Ripley (Sigourney Weaver), y ahora un grupo de científicos se disponen a resucitarla, utilizando para ello las más avanzadas técnicas de clonación. Pero el experimento no sale como ellos lo esperaban ya que el ADN de Ripley se ha mezclado accidentalmente con el de la Reina Alien durante el proceso de clonación. Motivo este último por el cual los científicos se vean en la obligación de recrearla también. Es entonces cuando la protagonista comience a desarrollar ciertas características del peligroso alienígena
