En 2045, Motoko Kusanagi y su equipo trabajan como mercenarios defendiendo una ciudad de los forajidos. Togusa atiende una llamada.

La Sección 9 es atacada con drones. Togusa acepta una misión del primer ministro japonés en busca de la paz.

Mientras Togusa se sumerge en el ciberespacio para rastrear a los antiguos miembros de su equipo, el grupo es detenido por una enigmática organización estadounidense que busca emplearlos.

Togusa asume algunos riesgos mientras investiga la desaparición del equipo y de John Smith. Los miembros de Ghost empiezan a cuestionar la naturaleza de su misión.

Aramaki busca a Kusanagi contrarreloj. Los miembros de Ghost empiezan su misión, pero la seguridad cibernética de Huge los obliga a cambiar de planes.

Después de la reunión de la Sección 9, Kusanagi y sus colegas aprenden sobre los "poshumanos", una amenaza previamente desconocida para la humanidad.