Cuando Jaden llega tarde a su examen de ingreso a Duel Academy, tiene que ir más allá de las expectativas para demostrar que merece pasar el corte.

La clase entrante es bienvenida a Duel Academy, pero Jaden encuentra una recepción poco cálida por parte del novato Chazz cuando lo retan a un duelo.

Cuando Syrus llega al dormitorio de las chicas, se pone a sí mismo y a Jaden en peligro de ser expulsados, lo que obliga a Jaden a ganar un duelo para ganar su libertad.

¡El día del examen en Duel Academy, el Dr. Crowler roba un nuevo envío de cartas para enfrentar a Jaden y avergonzarlo frente a toda la escuela!

Jaden y la tripulación se encuentran con un duelista misterioso que afirma que ha llevado a Alexis al Reino de las Sombras y, a menos que Jaden se enfrente a él, se quedará con ella.

Jaden continúa su duelo con el misterioso Shadow Duelist, luchando ahora no sólo por el alma de Alexis, sino también por la suya propia.