Cuando secuestran a Bruce Wayne, Gordon debe acudir a unos aliados peligrosos e inesperados. En esta batalla de villanos, no todos saldrán vivos en el final de la temporada.
Mientras que Gordon, Bullock y Barnes buscan a Victor Fries, Penguin conoce a Hugo Strange (BD Wong) y Alfred le revela información esencial a Bruce sobre el asesinato de sus padres.
Penguin sufre un revés por el asesinato de Galavan, y Gordon y Bullock investigan la ola de desapariciones de cuerpos de Victor Fries (Nathan Darrow), un ingeniero en criogenia de Gotham.
Gordon, Bruce y Lucius permanecen en Indian Hill, y Gotham recibirá a una amenaza nueva cuando los reclusos de Hugo Strange conciban un plan para escapar en el final de la segunda temporada.
Algunos de los villanos más descontrolados de Gotham, como Mr. Freeze (Nathan Darrow) y Firefly (Camila Perez), se agrupan. El Acertijo continúa con su conquista de la ciudad.