El revolucionario anime de mechas regresa con la historia jamás contada: el impactante incidente en el que desapareció el padre de Renton.

Hace siete años, siendo aún una niña, Anemone perdió a su padre cuando éste formaba parte de una operación para intentar contener "Eureka 7", un gran fenómeno que mató a miles de millones de personas y siguió expandiéndose, y que es inmune a todo excepto a la propia conciencia humana.

Años después de que la humanidad ganara la batalla contra los Nirvash y Eureka 7, todo parecía en paz, hasta que, de entre las ruinas de las batallas, surgió otra civilización: los humanos de una Tierra paralela. Mientras las dos humanidades intentan coexistir, a pesar de los grupos extremistas, la amenaza de los esquiroles continúa. Un grupo terrorista descubre a una niña con los mismos poderes que Eureka, y ahora depende de Anemone y de la propia Eureka protegerla para que sus poderes no sean utilizados para llevar al mundo de nuevo al borde de la destrucción.