Esta comedia animada sigue las aventuras de Phineas Flynn y su hermanastro de origen inglés, Ferb Fletcher, en sus vacaciones de verano. Cada día, los niños y sus amigos empiezan un nuevo y ambicioso proyecto, a veces para ayudar a alguien que lo necesita, pero a menudo solo para crear algo divertido. Esto molesta a la hermana de los niños, Candace, quien constantemente intenta meterlos en problemas revelándole sus acciones a su madre. Mientras tanto, al otro lado de la ciudad, el aspirante a científico Dr. Doofenshmirtz continuamente intenta apoderarse del área limítrofe con sus diversos dispositivos “inadores”, y Perry el ornitorrinco, la mascota de los niños y que a la vez es un agente secreto, constantemente frustra sus planes en nombre de la O.S.B.A. y de su oficial al mando, el Mayor Mongram. Al final de cada episodio, las dos historias se cruzan para borrar todos los rastros de los inventos de los niños, justo antes de que Candace pueda mostrárselo con éxito a su madre.