Die Besatzung der Enterprise wird von einer mysteriösen Kraft mit dem Namen 'Q' für alle Verbrechen der Menschheit verantwortlich gemacht.
Die Besatzung wird vom bösartigen Q in eine weit entfernte Galaxie geschleudert. Er will sie mittels der halb menschlichen, halb außerirdischen Roboter, bekannt als Borg, zerstören.
Während die Besatzung eine tödliche Seuche in ein Forschungslabor transportieren will, wird sie von der Nachricht überrascht, dass Counselor Troi schwanger ist.
Data beginnt einen Wettlauf mit der Zeit, um eine menschliche Kolonie vor Außerirdischen zu retten.
Die Besatzung rettet eine verschwundene Erdenkolonie und entdeckt dabei eine Zivilisation, die vollständig aus Klonen besteht.