Clannad spielt in einer Oberschule, in einer nicht namentlich erwähnten japanischen Stadt. Tomoya Okazaki ist im 3. Jahr und nimmt die Schule nicht sehr ernst. Er kommt immer zu spät und wird von seinen Klassenkameraden, die mit den Vorbereitungen für ihre Aufnahmeprüfungen für die Universität beschäftigt sind, als ständiger Störenfried gesehen. Aus diesem Grund hat er auch kaum Freunde.