Natsume ist ein Oberschüler, der seine Eltern früh verloren hat und seit Kurzem bei einer neuen Familie lebt. Er hatte schon immer die Gabe, Yōkai zu sehen, doch seit er in diese ländliche Gegend gezogen ist, jagen sie ihn regelrecht. Auf der Flucht stolpert er über einen Bannkreis und befreit einen mächtigen Yōkai, der ihn auffordert, ihm das Freundebuch seiner Großmutter auszuhändigen.

Viele Yōkai kommen zu Natsume und fordern ihre Namen zurück. So auch der wenige Zentimeter große Tsuyukami. Das Blatt, auf dem sein Name steht, klebt jedoch an einem anderen fest, und Natsume kann sie nicht voneinander lösen, ohne die Yōkai zu verletzen. Die einzige Lösung: Sie müssen den Yōkai finden, dessen Name auf dem anderen Blatt steht.

Natsume ist noch nie jemandem begegnet, der wie er in der Lage ist, Yōkai zu sehen. Eines Tages bitten ihn zwei mittelrangige Yōkai darum, eine Person zu beseitigen, die in Yatsuhara Yōkai vertreibt. Kann diese Person die Yōkai sehen, so wie er? Handelt es sich um seinen Mitschüler Tanuma?

Im alten Schulgebäude findet eine Mutprobe statt. Sasada erzählt Natsume von einer Legende, laut der auf dem Grundstück vor langer Zeit ein junger Gott eingesperrt worden sein soll. Plötzlich gehen in der Schule seltsame Dinge vor sich.

Natsume findet zwischen den Erbstücken von Reiko eine Fahrkarte. Er ist neugierig, was es damit auf sich hat, und begibt sich zum längst stillgelegten Bahnhof. Dort trifft er auf den Yōkai Santo, der sich mit einem Freund versöhnen möchte.

Es ist hochsommer und der Staudamm ist ausgetrocknet. Am Grund des Sees war einst ein Dorf. Die dort lebenden Yōkai nutzen die Gelegenheit, sich von Natsume ihre Namen zurückzuholen. Einer von ihnen hat jedoch andere Ziele und ergreift von Natsume Besitz.