Als die kleine Alice nach Hause zurückkehrt, erfährt sie von ihrem Vater, dass er sie tot geglaubt hatte. Ihre fantastischen Erzählungen von einem sprechenden weißen Kaninchen und einem geheimnisvollen Ort namens Wunderland führen dazu, dass sie in eine Irrenanstalt eingewiesen wird. Der dort zuständige Doktor Lydgate überredet die inzwischen junge Dame Alice zu einer Behandlung, die sie ihre Erinnerungen und ihren Schmerz vergessen lassen soll. Doch sie wird in letzter Sekunde vom Herzbuben befreit, der ihr berichtet, dass ihre große Liebe Cyrus noch am Leben ist. Zusammen mit dem weißen Kaninchen, kehren die beiden ins Wunderland zurück und machen sich auf die Suche nach Cyrus. Aber der böse Jafar und die Rote Königin haben andere Pläne für Alice.

Alice ist gemeinsam mit dem Herzbuben auf der Suche nach der Flasche des Flaschengeistes Cyrus. Sie hat einen raffinierten Plan, Mithilfe dessen sie herausfinden will, wer ihre Feinde und wer ihre Freunde sind. Währenddessen ist auch die Rote Königen und Jafar auf der Suche nach der Flasche. In Rückblenden erfahren wir, wie Cyrus und Alice sich ineinander verliebt haben.

Alice und Knave sind immer noch auf der Suche nach der Flasche von Cyrus. Dank des Vergissmeinnichts, einem Seil, das in die Vergangenheit blicken kann, könnten Sie herausfinden, wer der Flaschendieb ist. Doch der Weg, an dieses magische Seil zu gelangen, ist mehr als kompliziert und gefährlich. Während Will Scarlet Robin Hood und dessen fröhliche Gefährten davon überzeugt, Maleficent zu bestehlen, wartet Anastasia zuhause auf ihn, in der Hoffnung, dass Will für sie eine Beute mit Nachhause bringt.

Wir erfahren, wie es Jafar gelang, bei Amara in "die Lehre" zu gehen und der Zauberer zu werden, der er ist. Die Rote Königin nimmt den Herzbuben gefangen, sprich Anastasia nimmt Will gefangen und sogar ihr fällt es schwer, ihre Gefühle zu verbergen, als Jafar von ihr verlangt, ihn hinrichten zu lassen. Alice trifft auf die Echse und mit ihrer Hilfe kann sie den Herzbuben zunächst vor dem Henker bewahren. Kaum wittert Jafar den dritten Flaschengeist in seiner Nähe, da vergiftet er Amara, um sich den Erfolg für sich allein zu sichern.

In einer Rückblende ist zu sehen, wie Will Scarlet und Anastasia gegen den Willen ihrer Mutter ins Wunderland reisen. Bald erfahren sie, dass das Leben im Wunderland nicht so verläuft, wie sie es sich vorgestellt haben. Nachdem sie bei einem Ball gedemütigt wird, überredet Anastasia Will dazu, die Kronjuwelen zu stehlen, um ihrer Armut ein Ende zu bereiten. Doch Anastasia wird erwischt und der König macht ihr daraufhin ein Angebot, das sie nicht ablehnen kann. Sie soll den König heiraten um so der Strafverfolgung zu entgehen. In der Zwischenzeit, im jetzigen Wunderland, überredet die Red Queen Alice dazu, für sie magischen Staub zu besorgen - im Tausch gegen Informationen über Cyrus.

Jafar reist nach London und stattet Dr. Lydgate in dessen Heilanstalt einen Besuch ab, um sich Informationen über Alice zu beschaffen. In der Zwischenzeit führt Alice' Suche nach Cyrus sie im Wunderland in den Schwarzen Wald. Der Herzbube ist mit Hilfe eines unerwarteten Verbündeten aus seiner Steinstarre erwacht und sucht seinerseits nach Alice, die er im letzten Moment aus einer großen Gefahr retten kann. Cyrus ist die Flucht aus dem Kerker gelungen, seitdem flieht er vor der Roten Königin. In Rückblenden kommt Alice in ihr altes Leben zu ihrem Vater und seiner neuen Familie zurück.