Alice rentre chez elle. Son père lui dit que tout le monde la croyait morte. Ses histoires fantaisistes de lapin blanc qui parle et d'un étrange endroit appelé pays des Merveilles finissent par la mener dans un asile où le Dr Lydgate la persuade de subir une intervention qui lui fera oublier sa douleur. Juste avant l'opération, elle est sauvée par le valet de cœur qui l'emmène retrouver le lapin. Celui-ci lui annonce que son grand amour, Cyrus, est toujours vivant. Le trio passe alors par le portail qui le ramène au pays des Merveilles. Alice se lance alors dans une quête pour retrouver Cyrus, mais l'infâme Jafar et la reine rouge ont d'autre projets pour elle.

Au pays des Merveilles, Alice échafaude un plan pour retrouver Cyrus. Elle utilise le flacon du génie comme appât pour savoir à qui elle a affaire et qui sont ses vrais amis. Pendant ce temps, grâce à des flashbacks sur la reine rouge et Jafar, le sepctateur découvre comment Alice et Cyrus sont tombés amoureux et comment Cyrus s'est retrouvé au pays des Merveilles.

Wil Scarlett, qui n'est autre que le fameux valet de cœur, rejoint les joyeux compagnons de Robin des Bois et réussit à les convaincre de voler l'or du château de Maléfique . Il en profite pour dérober un miroir magique pour lui et ce geste sera lourd de conséquences. Pendant ce temps, au pays des Merveilles, Cyrus dupe Jafar et la reine rouge qui envoient un Bandersnatch aux trousses d'Alice. Cette dernière découvre aussi le secret du lapin blanc.

Alors que la vie du valet est menacée, Alice doit prendre une décision difficile : utilisera-t-elle un de ses trois précieux vœux ? Il pourrait y avoir des conséquences pour Cyrus et elle. Sa nouvelle amitié avec le Lézard révèle une partie du passé du valet et Cyrus prépare son évasion. Pendant ce temps, le projet de Jafar de tuer le valet met la reine dans une position délicate car elle est tiraillée entre ses sentiments et son désir d'obtenir ce qu'elle veut. Lors d'un flashback, nous découvrons les origines de Jafar et ses véritables attentes à l'égard de Cyrus.

Dans un flashback, Will Scarlet et Anastasia traversent un miroir pour rejoindre le pays des Merveilles, malgré l'avis de la mère d'Anastasia, qui désapprouve Will. Tous deux se rendent vite compte que le pays des Merveilles n'est pas vraiment tel qu'ils l'imaginaient. Après avoir été humiliée lors d'un bal au palais, Anastasia persuade Will de voler les joyaux de la couronne afin de sortir de la pauvreté. Mais Ana est prise en flagrant délit par le roi qui lui fait une proposition qu'elle ne peut pas refuser : l'épouser et devenir sa reine pour échapper aux poursuites. Pendant ce temps, au pays des Merveilles de nos jours, la reine rouge persuade Alice de l'aider à trouver de la poudre magique en échange de renseignements sur Cyrus, qui a habilement réussi à s'évader du château de Jafar, en laissant le lapin blanc dans une situation délicate.

Jafar rend visite au Dr Lydgate pour obtenir des informations sur Alice. Au pays des Merveilles, Alice part pour la forêt noire, poursuivant sa quête. Pendant ce temps, le valet se réveille grâce à la magie, avec l'aide d'une alliée inattendue. Il part à la recherche d'Alice et découvre qu'elle est en danger. Cyrus fait de son mieux pour échapper à la reine rouge. Dans un flashback, Alice retourne en Angleterre, chez son père, après avoir perdu Cyrus.