T1, E1: Hajime Kindaichi frequenta a Escola Fudo, onde há rumores de que existem sete mistérios. Dizem que quem souber os detalhes do sétimo mistério será amaldiçoado e morto pelo Fantasma da Escola, que espreita o antigo prédio. Miyuki Nanase, do Mystery Club, e alguns amigos decidem investigar os mistérios. Uma noite, Miyuki recebe um telefonema de Sakuragi, e eles correm para o prédio da velha escola. Quando chegam à sala de biologia trancada, eles veem Sakuragi pendurada pelo pescoço! Eles também veem a sombra do Fantasma da Escola, mas quando finalmente conseguem entrar na sala, ela está vazia. No entanto, o cadáver de Sakuragi é encontrado no dia seguinte. O inspetor Kenmochi, Saki e os outros membros do Mystery Club estavam na escola na noite anterior e começam a investigar. Miyuki se arrepende de ter investigado os sete mistérios e, quando novas vítimas são encontradas, ela percebe que pode ser a próxima. Além disso, eles descobrem que um estudante que investigou os mistérios há dez anos continua desaparecido até os dias de hoje. Kindaichi promete resolver o mistério. Que tristes verdades se escondem por trás deste assassinato bizarro na sala trancada?