Ninja Assassino' mostra a história de Raizo (Rain), um dos assassinos mais mortais do mundo. Tirado das ruas ainda criança, ele se transforma em um matador treinado pelo Clã Ozunu, uma sociedade secreta cuja existência é considerada um mito. Mas assombrado pela lembrança da execução de seu amigo pelo Clã, Raizo se revolta e... desaparece. Agora, ele espera, preparando para executar sua vingança.