Os combatentes da liberdade Neo, Trinity e Morpheus continuam a liderar a revolta contra o Exército das Máquinas, desencadeando seu arsenal de habilidades extraordinárias e armamentos contra as forças sistemáticas de repressão e exploração. Em sua busca para salvar a raça humana da extinção, eles ganham um maior conhecimento sobre a construção do Matrix e o papel de Neo no destino da humanidade.
