Sakko Otori é aluno de uma escola particular especial, a Academia Enoshima, mas é rejeitado pelos colegas por sua personalidade. Sua amiga de infância, Sayo Ichiki, faleceu tragicamente, e ele deixou um cravo para ela no velório. Um outro dia, na escola, Sayo aparece como se nada tivesse acontecido, falando sobre coisas que aconteceram há 12 mil anos.

As Máquinas Vetor se fundem, formando o Anjo Mecânico Aquarion, e enviam a Criatura Mítica de volta pela fenda espacial. Os professores explicam às crianças de onde vêm os inimigos, e qual seu objetivo, e cabe a eles escolher se vão continuar lutando. Sakko conta a todos sobre seu passado.

A auto-correção do universo causa a morte de Sayo. Momohime confronta Sakko e os outros sobre Sayo ser uma Elemento. DEAVA a escolhe como a próxima.

Momohime decide entrar no Aquarion, mas os sentimentos confusos de Rimiya por ela desequilibram a junção.

Um novo aluno chega à Academia, mas os boatos confundem: é uma garota parecida com Sayo, ou um garoto bonito?

A Academia Enoshima recebe dois novos cadetes Elemento: San, um jovem misterioso, e Hana, irmã da Sayo.