Illyasviel Von Einzbern, ou Illya abreviando, é uma típica garota das que vivem na cidade de Fuyuki. Um dia, enquanto ela tomava banho, Kaleido Ruby, um misterioso cajado mágico apareceu e tenta convencê-la de se tornar uma garota mágica.

Rin explica algumas coisas sobre magia para Illya. Mais tarde, Illya recebe uma carta marcando um encontro à noite. Ela não podia imaginar onde estava indo nem o que estava prestes a enfrentar. Durante o desespero e com poucas instruções do seu cajado, Illya tenta fazer o que pode, enquanto seu inimigo se prepara para o golpe final...

Uma garota misteriosa aparece. Ela se chama Miyu e foi transferida para a escola de Illya. Além de ser boa em tudo, ela acaba de se mudar para a casa da frente onde Illya mora. Algo não parece estar certo nesse ambiente, mas Illya ainda não consegue entender...

Os dois times: Illya e Rin, além de Miyu e Luvia, vão rumo às margens de um rio para enfrentar Caster e capturar a próxima carta. Como Caster sempre ataca do alto, Illya e Miyu devem aprender a voar para conseguir derrotá-la. Illya consegue voar facilmente, porém Miyu não tem a mesma facilidade

As garotas mágicas estão enrascadas. Um inimigo muito forte aparece, de repente. Elas têm duas opções: matá-lo rapidamente ou fugir. Em meio à tribulação, surge uma esperança. Será que Ruby e Sapphire vão conseguir mudar o rumo da batalha?

Rin e Luvia descansaram após a intensa batalha contra a Carta de Classe Saber. No entanto, um contra-ataque inesperado as pegou desprevenidas. Tudo parece perdido, mas Illya tem uma carta na manga que nem mesmo ela conhecia. Quem vai salvar quem?