Makoto Hikawa investiga mortes inexplicáveis e misteriosas. Estranhamente, dois jovens parece sofrer uma anomalia sempre que os assassinatos ocorrem. Shouichi Tsugami, que possui amnésia, e Ryou Ashihara, um nadador profissional.

Uma simples foto se transforma uma pista no caso da morte bizarra de uma família; Makoto se depara com uma criatura e equipa a poderosa armadura G3 para tentar contê-la, porém o misterioso guerreiro Agito surge e a intercepta.

Um cadáver é encontrado em um solo do Período Joumon sem sinais dele ter sido enterrado lá e a polícia suspeita que tenha sido obra de um Unknown; Shouichi se diz assustado por conta de seu poder desconhecido.

Shouichi decide deixar a casa dos Misugi após Mana ver sua transformação; o Professor Misugi conta para Mana sobre o passado de Shouichi; Makoto suspeita que um fenômeno sobrenatural seja a chave para resolver um de seus casos.

Os problemas físicos de Ryou ficam cada vez piores, conforme os Unknowns iniciam seus ataques; traído pelo seu treinador, Ryou se vê sozinho e começa a pensar em sua namorada, Mayumi.

Para enfrentar o ataque de um Unknown, Ryou se transforma diante de Mayumi e ela foge assustada; Houjou Tooru inveja Makoto por usar a armadura G3 e resolve investigar o seu passado.