Na Aldeia Oculta das Folhas vive o travesso Naruto Uzumaki, um menino de 12 anos que causa problemas onde quer que vá. Mas quando ele rouba um rolo antigo, desencadeia um estranho poder raramente visto na aldeia.

Naruto finalmente se forma na Academia Ninja e acha que sabe tudo que é importante para ser o melhor ninja. Bem, pelo menos é o que ele diz a Konohamaru, o neto caçula do ancião da aldeia.

No caminho para se tornar um ninja, Naruto forma uma equipe com seus colegas de aula: a bela Sakura e o formal Sasuke. Mas a única coisa em comum entre eles é que detestam Naruto! Na tentativa de conquistar Sakura, Naruto finge ser outro.

Agora que Naruto, Sasuke e Sakura são uma equipe, se reunem com seu sensei, a enigmática e distante Kakashi. Apresenta a eles um desafio de sobrevivência, onde apenas dois deles passarão, enviando o aluno que falhar de volta para a Academia Ninja.

Quando a ameaça de fracasso paira sobre suas cabeças, Naruto, Sasuke e Sakura tentam de tudo para passar no teste de sobrevivência. Mas fará falta o sábio conselho de Kakashi para ensinar a esses ninjas egoístas como trabalhar em equipe.

Naruto e sua equipe começam suas primeiras missões ninja com tarefas chatas e servis. Cansado e irritado, Naruto desabafa sua frustração com Hokage. Ele lhes dá uma nova missão: proteger um velho rabugento chamado Tazuna em seu retorno para casa.