Quando um trem com destino a Oslo desaparece, depois reaparece a 3km de distância, Botan Negoro, uma estudante do ensino médio treinada por seu avô ninja para salvar o mundo, é chamada para recuperar o fragmento de cristal que pode ter causado o acidente.

Dizem que o Cristal Tesla que causou o acidente de trem baseia-se na Bobina de Tesla e pode desencadear incidentes graves semelhantes nas proximidades. Botan e Kuruma agem para recuperar o cristal e evitar isso, mas são observados por outra dupla.

O Cristal Tesla número 13 foi roubado de Botan e dos outros, e Jingo acredita que a organização secreta Cabana estava por trás do roubo. Voltando ao Japão, Botan, Kuruma e Ryunosuke esperam localizar os Cristais de sua casa compartilhada.

Um Cristal Tesla é usado em Chicago, eletrocutando 3 dos 4 membros mais antigos da criminosa Família Corrad. Botan e os outros vão para Chicago para encontrar o Cristal e seu portador, apelidado de "Preghiera", mas se encontram em uma guerra de gangues.

Aquele que tinha como alvo Theone, chefe da Família Corrad, era seu segundo homem de confiança, Bosé. Botan e sua equipe lutam com os agentes da CIA pelo Cristal Tesla, mas devido à sua habilidade de controlar raios, nenhum dos lados consegue apreendê-lo.

Após vencer a CIA na corrida pelo Cristal Tesla de Bosé, Kuruma é baleado e Mickey oferece o tratamento médico da CIA. Botan e sua equipe estão desconfiados, mas aceitam salvar a vida de Kuruma. Enquanto isso, outro grupo surge para roubar o Cristal.