Dans cette comédie, le marionnettiste au chômage de New York, Craig Schwartz, prend à contrecoeur un emploi temporaire en tant que commis au classement pour l'excentrique Dr Lester. Au travail, Craig découvre un portail qui rappelle le célèbre acteur John Malkovich. Quand il dévoile le secret à sa collègue Maxine, ils entament un programme d'affaires inhabituel et une étrange relation qui implique la femme de Craig, Lotte.