Maebara Keiichi a déménagé il y a peu avec sa famille dans le village de Hinamizawa. Alors qu'il profite de son nouveau quotidien, il apprend qu'un meurtre a eu lieu quelques années auparavant dans ce même village, mais tout le monde semble nier ce dernier…

Alors que Keiichi se renseigne davantage sur le meurtre d'un ouvrier à Hinamizawa, il remarque que Rena se comporte de plus en plus étrangement.

Après la danse du festival Watanagashi, Rena emmène Keiichi à la rivière. Ce dernier imite Rena pour laisser la rivière emporter son coton, et ainsi remercier la divinité protectrice du village, Oyashiro. Le lendemain, un inspecteur de police nommé Ôishi rend visite à Keiichi pour lui poser quelques questions…

De jour en jour, le doute s’empare davantage de Keiichi. Rena vient le chercher un matin pour aller à l’école, mais il ne trouve pas le courage de lui faire face et décide de sécher les cours. Alors qu’il se torture l’esprit en voulant trouver un moyen de croire en son amie, un personnage inattendu lui adresse la parole.

Au mois de juin de l’année 1983, Keiichi reçoit un appel de Mion et Rena lui demandant de les rejoindre à Okinomiya. Après avoir participé à un tournoi organisé par son club, il reçoit comme récompense un objet particulier.

Keiichi était embêté par des voyous quand Shion et des habitants de Hinamizawa ont volé à sa rescousse. Alors que ce dernier est encore désorienté, Shion lui raconte comment les habitants du village ont réussi à faire abandonner le projet du barrage, ainsi que la raison pour laquelle ils sont si soudés depuis des générations.