Dans une réalité alternative, deux lycéens, « Nine » et « Twelve », survivants d’une expérimentation secrète visant à faire des orphelins savants des armes humaines, dérobent le prototype d’une bombe atomique lors d’un apparent attentat. Se faisant appeler « Sphinx », ils mettent en ligne une vidéo et menacent de détruire Tokyo à moins qu’une énigme cryptique ne soit résolue. Décidés à dévoiler l’organisation à l’origine de leur sort, ils se lient avec Lisa, lycéenne solitaire, qui se retrouve entraînée dans leur quête de vérité.