S1, F1: Meisterin Maka und ihre Waffe, Soul Eater, haben soeben ihre 99. Seele gefunden. Neunundneunzigmal haben sie eine Seele ergattert, die bereits ein Kishin-Ei war und drohte, als ein böser Dämon wiedergeboren zu werden. Die Kishins haben die Welt schon einmal fast vernichtet und nun sind es die Schüler der „Shinigami Fachschule für Waffenhandwerk“, kurz „Shibusen“.