S3, F1: Scully, die immer noch unter dem Trauma ihrer Entführung steht, ist überzeugt, dass Mulder noch lebt. Tatsächlich wird der schwer verletzte FBI-Agent von Navajo-Indianern gefunden. Eine weniger erfreuliche Entdeckung muss Scully selbst machen: Sie will mit Hilfe eines Psychotherapeuten die durch die Entführung verursachten Blockaden wieder lösen. Dabei stellt sich jedoch heraus, dass ihr während ihrer Entführung ein winziger Chip in ihren Nacken implantiert wurde.