Der Riesenaffe Abraham fristet auf der Forschungsinsel Watkins Island ein ruhiges Dasein. Als unweit der Insel ein riesiges außerirdisches Monster aus den Tiefen des Ozeans auftaucht, stellt sich der Riesenaffe dem Kampf, unterliegt jedoch schwer verletzt. Nun liegt die Hoffnung der Menschheit in einer neuen Mecha Ape II-Version. Beide sollen zusammen das neue Monster besiegen…