1638 brechen Pater Rodrigues und Pater Garupe in das von der westlichen Welt abgeschottete Japan auf, um der Wahrheit hinter den Gerüchten nachzugehen, dass ihr berühmter Lehrer Ferreira seinem Glauben abgeschworen hat. Nach ihrer Ankunft erleben sie die brutale und unmenschliche Verfolgung der Christen durch die japanischen Machthaber. Angesichts der Ereignisse in einer Gesellschaft, die keine Toleranz kennt und in der der Tod an der Tagesordnung ist, stellt sich Rodrigues auf seiner Reise durch das von der Gewaltherrschaft zerrissene Land die Frage: Wie kann Gott zu all dem schweigen?