Nachdem sie jahrelang von der menschlichen Welt abgeschirmt waren, machen sich die Turtle-Brüder auf, die Herzen der New Yorker zu gewinnen und durch heldenhafte Taten als normale Teenager akzeptiert zu werden. Ihre neue Freundin April O'Neil hilft ihnen dabei, ein mysteriöses Verbrechersyndikat zu bekämpfen. Doch schon bald wächst ihnen die Situation über den Kopf, als eine Armee von Mutanten auf sie losgelassen wird.