Die Arbeit für das Vaterland verlangt viele Opfer von Navy SEALS, denn wer die gefährlichsten Missionen für die USA ausführen soll, kann nicht jeden Abend um 18 Uhr zuhause sein. Als sein Team bei der Suche nach Terrorist Samit eine lange vermisste Geisel findet steht Teamleiter Jason Hayes vor einer schrecklichen Entscheidung: Sollen sie Samir aufgreifen oder das Leben der Frau retten?
Detective Kevin Ryan arbeitet bei einer Wohltätigkeitsveranstaltung als Leibwächter für einen charismatischen Kongressabgeordneten, als plötzlich Schüsse fallen. Um den Killer zu fassen, muss Ryan mit der Hilfe von Castle und Beckett die Ereignisse durchspielen, die zu der Schießerei führten.
Stadtrat Matthew Wade wird vorgeworfen, er habe Schmiergeld von islamischen Extremisten angenommen und daraufhin dem Bau einer Moschee zugestimmt. Um den Verdacht zu widerlegen, analysieren Alicia und ihre Kollegen Abhörbänder des FBI.
Als an einem Strand im Süden von Long Island ein Flugzeug abstürzt, ist Holmes sofort alarmiert. Alles sieht zunächst nach einem Unfall aus, doch dann entdeckt der außergewöhnlich scharfsinnige Detektiv, dass einer der Passagiere bereits vor der Katastrophe mit einem Schraubenschlüssel erschlagen wurde. Holmes findet schnell heraus, dass der Mord bereits vor dem Start geschah und die Leiche wurde im Laderaum versteckt. Auch der Absturz der Maschine war offenbar kein Unfall ...
Als Präsident Palmer erfährt, dass eine terroristische Vereinigung namens Second Wave plant, eine Atombombe in Los Angeles zu zünden, ruft er höchstpersönlich einen ehemaligen CTU-Agenten in den Dienst zurück, von dem er weiß, dass er sich völlig auf ihn verlassen kann: Jack Bauer.
