Darkwing Duck erzählt diese Geschichte aus seinem Geheimarchiv. BENJAMIN BUXBAUM ist ein tollpatschiger Forschertyp, der von anderen Wissenschaftlern verspottet wird. Seine Forscherkollegin RHODA DENDRON ist die Einzige, die zu ihm steht. Als seinem Projekt (menschliches Gewebe mit Chlorophyll anzureichern, um sich durch Sonnenlicht ernähren zu können) die Finanzierung entzogen wird, experimentiert er an sich selbst weiter, um seine Theorie zu beweisen. Das geht allerdings schief, und Buxbaum verwandelt sich in eine bewegliche Gemüsekreatur, die über die gesamte Pflanzenwelt gebietet. Mit Hilfe seiner neuen Kräfte rächt er sich an den Wissenschaftlern und entführt Dr. Dendron. Darkwing Duck muss sich durch ein Treibhaus voller feindlicher Pflanzen kämpfen, um die arme Rhoda vor einem Schicksal als Pflanzenwesen zu bewahren.

In ganz St. Erpelsburg verschwinden Gebäude, und Darkwing Duck weiß sich keinen Reim darauf zu machen. Kiki ist das egal, denn Darkwing hat versprochen, sie zum neuen Minigolfplatz mitzunehmen. Wie es der Zufall will, versteckt sich dort DR. LILLIPUT, ein Wissenschaftler, der das Ufer von St. Erpelsburg schrumpft, damit seine Ameisenarmee mit ihrer Insektenkraft die Tresore aufbrechen kann. Darkwing kommt ihm auf die Schliche, wird aber selbst auf Ameisengröße geschrumpft und von einer Horde Insekten mit Strandbuggys und Motocross-Motorrädern tyrannisiert! Als Dr. Lilliput ihn jedoch endgültig aus der Welt schrumpfen will, überzeugt Darkwing einen Trupp Bakterien, um dem Wissenschaftler eine Erkältung zu verpassen, die ihn außer Gefecht setzt!

BENNI BUXBAUM, der halb pflanzliche, halb entenartige Schurke, will sich eine Lebensgefährtin heranzüchten. Doch da er statt Blütenblättern versehentlich Kartoffelschalen verwendet, entsteht dabei die Vampirkartoffel POSY, die sofort ihr Unwesen treibt und allen, die ihr vor die Augen kommen, die Stärke aussaugt.

S.H.U.S.H. bittet Darkwing Duck, dem Verschwinden einer Gorillaforscherin nachzugehen, die eine wertvolle Informationsquelle für die Organisation war. Sie ist spurlos im Dschungel verschwunden, als wilde Gorillas eine Bananenplantage angriffen. Während seines Kampfs gegen die abtrünnigen Affen findet Darkwing heraus, dass Beatrix „untergetaucht“ und zur tarzanartigen Anführerin der Gorillas geworden ist. Die Bananenplantage hat sie nur angegriffen, weil sich dahinter in Wirklichkeit eine Militärbasis verbirgt. Ihr Besitzer entpuppt sich als MAJOR VON HITZIG, ein Großwildjäger, der die Macht in der Bananenrepublik an sich reißen will.

In den Banktresoren des Landes wird der Aufdruck auf den Geldscheinen abgeschrubbt. Es ist das Werk von SALPETRA SCHNIEFSCHNABEL, der unter einem manischen Putzfimmel leidenden Raumpflegerin, die zur Oberschurkin wurde, nachdem sie die giftigen Dämpfe eines experimentellen Desinfektionsmittels eingeatmet hatte. Darkwing Duck geht dem Fall nach, bis Salpetra DIREKTOR JULIUS GANTER entführt und CHEFAGENT GRIZZLIKOPF vorübergehend die Leitung von S.H.U.S.H. übernimmt. Als Darkwing vom „offiziellen S.H.U.S.H.-Dienstweg“ abweicht, wird er von der Organisation ausgeschlossen und muss sämtliche Spionage-Gimmicks zurückgeben. Doch als Grizzlikopf gefangen wird und zusammen mit Ganter durch eine riesige Wischmop-Presse gequetscht werden soll, rettet Darkwing die beiden mit Hilfe seiner eigenen exzentrischen Methoden.

Während des Kampfs gegen den elektrifizierten Schurken MEGAVOLT wird DARKWING DUCK von einer Riesenglühbirne geblendet. Obwohl er nicht weiß, wann er sein Augenlicht wiedererlangt, versucht er, seiner Heldentätigkeit weiter nachzugehen. Als alles schiefgeht, verfällt Eddie in Depressionen und fühlt sich nutzlos. Doch selbst dann noch analysiert er mit seiner ihm angeborenen Kombinationsgabe eine Reihe von Anhaltspunkten, die ihn zusammen mit QUACK, KIKI und ALFRED zu Megavolts Versteck führen. Der blinde Darkwing wird aktiv, um seinen Freunden zu helfen, und in einer „schockierenden“ Auseinandersetzung mit dem verkabelten Verbrecher wird Darkwings Augenlicht wiederhergestellt.