Die Wissenschaftlerin Dr. Jenkins hat den Riesenaffen Kong neu erschaffen und kennt darüber hinaus auch das Versteck der „Heiligen Steine“ auf der Insel Kong Island. Der Schurke Ramon de la Porta ist schon lange hinter den Steinen her, da sie ihrem Besitzer unglaubliche Macht verleihen sollen. Jason nimmt seinen Archäologie-Professor mit auf eine Reise - ohne zu wissen, welche Pläne der verfolgt.

Auf Kong Island suchen Kong, Lua und Jason nach Ramon De La Porta, der im Körper des Säbelzahntigers entkommen ist. Sie verlieren jedoch seine Spur. Dr. Jenkins wird unterdessen von De la Porta entführt und gezwungen, ihn zu den Heiligen Steinen zu führen.

Der Schurke Ramon stielt die Heiligen Steine und löst dadurch eine Umweltkatastrophe auf Kong Island aus. Obendrein wird der mystische Dämon Chiros der Zerstörer aus dem Schlaf erweckt. Der erste Kong hatte gegen Chiros gekämpft und ihn besiegt.

Lua will mit Hilfe der Heiligen Steine den Dämon Chiros wieder endgültig einsperren. Harpyie, einer von Chiros Dienern, übernimmt jedoch die Kontrolle über Lua und lässt sie das Siegel manipulieren. Jason, Eric und Kong begeben sich in den Tempel, um Lua zu helfen.

Ein Dieb stiehlt aus Museen Kunstwerke sowie eine alte Steintafel. Dr. Jenkins vermutet, dass De La Porta dahintersteckt. Wenn er genügend Tafeln zusammenhat, kann er die Kraft der Heiligen Steine entfesseln. Eric, Lua, Jason und Kong begeben sich nach New York, wo De La Porta ein Museum eröffnet.

De La Porta kontrolliert mit dem Windstein die Stürme auf der Erde. Dr. Jenkins stellt fest, dass Winde über der Wüste zusammenkommen und dann in eine Richtung gelenkt werden. Jason, Eric, Lua und Kong machen sich auf den Weg dorthin, wo sie von Beduinen gefangengenommen werden, die glauben, dass unsere Freunde ihren Schamanen entführt haben.